بررسی مارکرهای str در ناحیه ژن hla-drb1: معرفی مارکر m2_3_22
thesis
- وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه اصفهان - دانشکده علوم
- author مریم شیخ الاسلام اصفهانی
- adviser صادق ولیان بروجنی
- publication year 1389
abstract
ناحیه غنی از ژن mhc با طولی حدود 6/3 مگا جفت باز بر روی بازوی کوتاه کروموزوم 6 قرار دارد. اکثر ژنهای این ناحیه در تنظیم پاسخهای ایمنی بدن نقش دارند. ناحیه mhc در مهرهداران غنیترین منبع پلیمورفیسم پروتئینها را تشکیل میدهد. این ناحیه به سه بخش به نامهای hla کلاس یک، دو و سه تقسیم میشود. ژنهای کلاس دو hla بسیار متنوع هستند و پروتئینهایی را کد میکنند که در عرضه آنتی ژنهای خارجی به سلولهای cd4+t نقش دارند. تنوعات آللی ژنهای کلاس دو به خصوص ژن hla-drb1 با بسیاری از بیماریهای خودایمن از قبیل آرتریت روماتوئید، دیابت تیپ یک و مالتیپل اسکلروز ارتباط دارد. مارکرهای str به دلیل داشتن مزایای متعدد ابزارهای ژنتیکی مفیدی برای مطالعه ارتباط ژنها با بیماریها هستند. از این رو در این مطالعه مارکرهای str درون و اطراف ژن hla-drb1به منظور شناسایی و تعیین مارکر مناسب و اختصاصی برای مطالعه این ژن،مورد بررسی بیوانفورماتیکی وآزمایشگاهیقرار گرفتند. در این راستا ابتداهر مارکر بطور جداگانه درپایگاههای داده mhc(dbmhc) و unistsجستجو شد. سپس توالیهای گروههای هاپلوتیپی drو شش توالی هاپلوتیپ mhc برای بررسی حضور این مارکرها و تعیین محل قرار گیری آنها در توالیهای مزبور، با استفاده از نرم افزارclc main- workbench مورد مطالعه واقع شدند. این مطالعات نشان داد که تنها مارکری که میتواند به طور اختصاصی برای مطالعه ژن hla-drb1 مورد استفاده قرار گیرد، مارکر m2-3-22 میباشد چرا که این مارکر در تمام توالیهای هر سه گروه هاپلوتیپی dr شامل dr51 ،dr52 و dr53 به فاصله حدود 16 کیلو باز از اگزون یک ژن hla-drb1 وجود دارد. به دلیل عدم تطابق پرایمرهای معرفی شده برای این مارکر در dbmhc و unists با توالیهای pgf و reference assembly، مناطق واقع در دو سمت مارکر با حد اکثر تشابه در توالیهای مختلف mhc انتخاب و برای طراحی پرایمرهای جدید توسط نرم افزارهای clc و oligo مورد استفاده واقع شد. پرایمرهای طراحی شده توسط دو نرم افزارe-pcr و blast مورد بررسی قرار گرفت تا جایگاههای اتصال آن در کل توالی ژنوم مشخص شود. سرانجام بهترین جفت پرایمر انتخاب و برای تکثیر لوکوس m2-3-22 در 164 فرد غیر خویشاوند استفاده شد و توانست مارکر مزبور را در تمامی افراد مورد مطالعه با موفقیت تکثیر کند. ژنوتیپ این لوکوس با بررسی محصولات pcrآن بر روی ژل پلیآکریلآمید مشخص شد. سه آلل مختلف از این مارکر شناسایی و تعیین توالی شد. یکی از آللهای شناسایی شده دارای توالی جدید بود که میتواند به عنوان آلل جدید در جمعیت ایرانی مطرح شود. همچنین فراوانی آللی و ژنوتیپی مارکر m2-3-22 در تعادل هاردی-وینبرگ قرار داشت.
similar resources
اطلاعات جمعیتی مارکرهای D6S2879 و D6S2806 واقع در ناحیه HLA-DRB1 در جمعیت ایرانی: شناسایی اثرهایی از انتخاب طبیعی و جهت‌دار
در این مطالعه، تنوع ژنتیکی و آزمون neutrality برای جایگاههای ژنی ریزماهواره MHC، D6S2879 و D6S2806 واقع در ناحیه ژنی HLA-DRB1، بررسی شدند. اطلاعات تعیین ژنوتیپ 73 فرد غیر خویشاوند برای شاخص شانون، تعداد آلل مؤثر مارکرها و آزمون neutrality با استفاده از برنامه‌های PyPop و Popgene32 بررسی شدند. شاخص شانون برای مارکرهای D6S2879 و D6S2806 در جمعیت مطالعه شده به ترتیب 0372/1 و 8601/0 بود. ارزش Fnd ...
full textاثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین
Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...
full textاثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین
Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...
full textThe Effect of HLA-DRB1 on Cholecystitis
Background: Cholecystitis is one of the major digestive diseases. Its prevalence is particularly high in some populations. Significant risk factors associated with cholecystitis include age, sex, obesity, diet, parity and type 2 diabetes. Objective: To determine the association between HLA-DRB1 and cholecystitis. Methods: This casecontrol study included forty Iraqi Arab patients who had cholecy...
full textبررسی فراوانی آللهای HLA-DRB1 و HLA-DQB1 در کودکان مبتلا به ریفلاکس وزیکویورترال اولیه
Background: Vesicoureteral reflux (VUR) is the retrograde flow of urine from the bladder into the ureter and toward the kidney. Vesicoureteral reflux is the most com-mon inherited disease in urogenital system. Primary VUR is the most common urologi-cal anomaly in children and it has been reported in 30-50% of those who present with urinary tract infection (UTI). The association of vesicouretera...
full textMy Resources
document type: thesis
وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه اصفهان - دانشکده علوم
Keywords
Hosted on Doprax cloud platform doprax.com
copyright © 2015-2023